V mange a anime Naruto sa hodnosti ninju zo skrytých dedín delí na niekoľko skupín. Nie všetci ninjovia sú rovnako dobrí, ich hodnosť zodpovedá teda ich skúsenostiam, vlastnostiam, počtu zvládnutých techník a podobne. Slovo ninja v starom Japonsku najprv označovalo špeha. Neskôr sa takto ale začali označovať členovia špeciálnych jednotiek, ktoré mali za úlohu získavať informácie, vykonávať vraždy a spehovat. Ninjov vždy ovládali rôzne bojové umenia.
Učeň
Toto nie je podstate hodnosť, takto sa nazývajú ľubovoľné osoby, ktoré vedie zkušenější ninja. To môže zahŕňať aj tých, ktorí nie sú v ninja akademii a přesto je někdo trénuje. Jedná sa napríklad o tréning, kedy Genin (pozri nižšie) Uzumaki Naruto viedol neformálny tréning Konohamaru, Udona, a Moegi. Spadá sem aj Ebisův tréning Konohamaru v úvodných kapitolách, hoci jeho tréning je výrazne špecializovanejšej.
Spoiler! Pozor, táto časť obsahuje príbeh!
Inak ale aj Jounin (pozri nižšie) alebo ninja ešte vyššie pozície môže tiež vziať učňov do výučby hodně pokročilejších ninja technik. Jedná sa napríklad o tréning, keď každý z legendárnych Sanninů vedie jedného člena tímu 7. Jiraiya vede Naruta, Tsunade vedie Sakura a orochimaru vedie Sasukeho.
Študent akadémie
Akadémia je miestom, kde adepti na ninju začínajú svoj tréning. Kým nezloží záverečnú skúšku na akadémii, tak nie sú považovaní za ninju. Študenti akadémie podstupujú rôzne praktické skúšky všetkých druhov a sú im do hlavy vtloukány základy bytia Ninjou. Sem patrí hlavne použitie zbraní (ako sú kuna a shuriken), zvládanie základných ninja techník (napr. Heng no Jutsu - technika premeny, Nawanuke no Jutsu - technika rozlúčení laná, Kawarimi no Jutsu - technika premiestnenia a Bunshin no Jutsu - technika klonovania) a dokonca aj príprava na ovládanie Chakra (energie pre vykonávanie ninja techník).
Pri úspešnom ukončení štúdia na akadémii študenti dostanú špeciálnu čelenku so znakom svojej dediny. I keď sa to nazýva čelenka, tak to veľa postáv nosí rôzne. Presne sa to menuje Hitai Ate - ochranná čelenka.
Požiadavky na úspešné ukončenie štúdia na akademii sa líši od dediny k dedine. Vo Skryté Listové je potrebné zložiť konečný test a ovládať základné techniky. Vo Skryté hmlovej dedine raz mali ako skúšku boj na život a na smrť, ale vďaka nešťastnej udalosti, kedy Momochi Zabuza povraždil všetkých žiakov, ktorí mali skladať skúšku, bol tento spôsob skúšky zrušený.
Genin
Genin (doslovne preložené "nižší ninja") je najnižšia úroveň ninju. Medzi Geniny sú najviac vidieť rozdiely v schopnostiach. Ten, kto sa stane Geninem, začne pracovať pre svoju dedinu. Plní rôzne misie a tým svojej dedine (ale aj sebe) zarába peniaze. Geninové sú typicky posíláni na misie typu D, čo je hneď po E druhá najnižšia. Misie typu D sú väčšinou bezpečné mise, skoro vždy to je manuálna práca. Veľmi zriedka sú Geninové poslaní na C misie, ktoré sa už blíži skutočnej práci ninju (ale stále sú takmer bez rizika). Keď bol vo Skryté Listové nedostatok ninju, museli aj Geninové plniť misie vyšších úrovní.
Geninové sú často vo čtyřčlenných skupinkách, tri Geninové a jeden Jounin (ich majster). Takto sa majú naučiť tímovú prácu a zvykat si na ninja život. Zloženie tímov je také, aby celková sila skupín bola približne rovnaká. Napríklad Naruto, ktorý prešiel s najhoršími známkami, je v tíme s sasuke, ktorý mal pre zmenu najlepšie známky a sa Sakura, ta mala zase najlepšie písemka. Tímy sú zvyčajne tvorené dvoma chlapcov a jednou holkou. Tímy sa skladajú aj podľa ich zamerania. Napríklad tým Kurenai (Yuuhi Kurenai, Inuzuka kiba, Hyuuga Hinata a Aburame Shine) sa špecializuje na prežitie a stopovanie a tím GAI (Maite GAI, Hyuuga neji, Rock Lee a Tenten) se specializuje na taijutsu (boj na blízko) a umenie so zbraňami .
Chuunin
Chuunin (doslovne preložené "strednej ninja", čítame "čůnin") je ninja, ktorý je schopný strážiť a viesť iné ninja. Niektorí pracujú ako učitelia (třeba jako Umin Iruka) a iní zase slúži ako vodcovia menších tímov (třeba Nara Shikamaru). Chuuninové sú typicky posíláni na C alebo B misie.
Aby sa Genin stal Chuuninem, tak musí prejsť cez skúšku zloženú z troch častí: prvá časť testuje ich schopnosti zhromažďovania informácií a schopnosti rozhodovania (rovnako ako ich celkové pochopenie ninja filozofie), druhá časť preverí ich schopnosti pri splnenie úloh a schopnosť držať smerníc a tretia sa skladá z bojov medzi tými, ktorí absolvovali predchádzajúce dve časti. Tretia časť sleduje porota zložená z vysoko postavených ninju, ktorý potom rozhodne o tom, kto sa stane Chuuninem. Nezáleží na tom, kto vyhrá, ale hodnotí sa ich výkon počas bojov. Ktokoľvek, kto sa dostane to tretieho kola, má možnosť stať sa Chuuninem.
V minulosti si každá dedina organizovala svoju vlastnú Chuuninskou skúšku. Ale po tretej vojne ninju všetky dediny súhlasili, že budú organizovať jedny testy vždy v dedine, ktorú si zvolí. To malo tiež prispieť k zlepšeniu vzťahov medzi dedinami. Chuuninská skúška sa organizuje dvakrát ročne. Po dosiahnutí hodnosti Chuunin môže ninja nosit taktickou vestu obsahujúce zvitky, nie je to však povinné.
ANBU
ANBU (doslovne preložené "temná strana", neboli "Černé jednotky") je skratkou z ansats Senjutsu Tokushu butai (čítame "Ansacu sendžucu tokušu butai). Voľne preložené to znamená "Špeciálne vraždící a taktická skupina". Meno je slovná hračka, podobne ako v angličtine sú akronym SWAT alebo SHIELD, tak zde dva kanji znaky skrátili celú skupinu znakov a samé o sebe majú význam iného slova.
ANBU je skupina extrémne nadaných ninju, ktorí vykonávajú atentáty, chránia dedinu pred tými najväčšími hrozbami, vykonávajú misie typu S v nepriateľských krajinách a podobne. Poznať členmi ANBU je jednoduché, nosia zvieracie masky, hlavne kvôli utajenia ich identity. V Naruto takmer všetci ANBU nosí meče. ANBU je organizácia, ktorá slúži priamo pre Kage (pozri nižšie). Hatake Kakashi bol predtým tiež člen ANBU a Uchiha Itachi sa stal kapitánom ANBU vo veku 13 rokov. Morin Ibiki, výskumník z prvej časti Chuuninské skúšky, je šéf oddelenia pre mučenie a vypočúvanie v ANBU v Listové vesnici (Konoha Anbu Goumon / Jinmon butai).
Ako ostatné ninjov, tak i členovia ANBU pracujú v skupinách štyri. Traja členovia ANBU a jeden veliteľ skupiny. Členovia ANBU sú vybraní z radov Chuuninů a postupne sa propracovávají až na kapitána ANBU. Kapitáni sú zvyčajne ninjov na úrovni Jounin alebo Tokubetsu Jounin (špecializovaní na vraždy).
Jounin
Jounin (doslovne preložené "vyšší ninja", čítame "džónin") je vo všeobecnosti veľmi skúsený ninja so značnými individuálnymi schopnosťami. Slúžia ako velitelia väčších tímov a zastávajú vyššie pozície. Často sú poslaní na misie A a skúsený Jounin môže byť dokonca aj poslán na mise typu S (to jsou naprosto nejtěžší mise). Ako už bolo povedané, tak často vedú trojčlenné tímy Geninů. Medzi Jouniny sa tiež radí tak Takzvaní "Tokubetsu Jounin", čo je niečo medzi Chuuninem a Jouninem. Tokubetsu Jounin (doslovne preložené "špecializovaný vyšší ninja", čítame "tokubecu džónin). Tokubetsu Jouninové sú podriadení bežným Jouninům a mistrně ovládají jednu činnosť. Príklad Tokubetsu Jounina by mohol byť Morina Ibiki. Jeho jedinečnou schopností je kompletně porozumět pochodům ľudskej mysle a je majstrom výsluchu (v tejto oblasti má hodnost ANBU). Ďalej treba aj Ebisu je Tokubetsu Jounin, ten sa špecializuje na činnosť elitného učiteľov.
Kage
Tí, ktorí dosiahli titulu Kage (doslovne preložené "Tieň"), sú vodcovia piatich najsilnejších skrytých dedín. Kage je obvykle nejsilnější ninja z dediny. Niekedy to však neplatí, napríklad stačí, aby bol najsilnejší v čase voľby nového Kage. Kage môže byť v dedine len jeden. Kage sa môže vzdať vedenia a na svoje miesto pustiť niekoho iného, ale titul Kage mu zostane. Takto dôjde k situácii, keď sú dva alebo viac Kagu, ale iba jeden je aktívny. Toto je príklad stavu, kedy bol Štvrtý i Tretí Hokage súčasne. Vedenie mal vždy iba jeden, po smrti štvrtého sa vedenie vrátilo zase Tretiemu. Kage kontrolujú svoje územia, dozerajú na aktivity ich dedín a sú vodcovia ninja spoločnosti. Tiež Uzumaki Naruto sa chce stať Hokagem.
Ďalším Kagem sa často stáva rodinný príslušník predchádzajúceho Kageho alebo niekto, koho předchozí Kage učil. Napríklad Gaara, ktorý sa stal po svojom otcovi ďalším Kazekagem, Štvrtý Hokage, ktorého učil študent Tretieho Hokageho Jiraiya alebo Tsunade, vnučka Prvního Hokageho a bývalá študentka Tretieho Hokageho.
Päť najznámejších Kage má svoje tituly upravené podľa svojej dediny. Sú to:
Hokage (doslovne preložené "Ohnivý tieň") - Kage ze Skryté Listové.
Kazekage (doslovne preložené "Veterný tieň") - Kage ze Skryté Písečné.
Mizukage (doslovne preložené "Vodný tieň") - Kage ze Skryté hmlovej.
Raikage (doslovne preložené "Bleskový tieň") - Kage ze Skryté Oblačno.
Tsuchikage (doslovne preložené "Zemský tieň", čítame "cučikage") - Kage ze Skryté Skálové.
V anime sa predstavil ešte jeden Kage - Hoshikage (doslovne preložené "Hvězdný stín") - ze Skryté Hvězdné zěmě. Ovšem tento titul nie je oficiálne uznaný, tento ninja si ho dal sám. Orochimaru, zakladateľ a vodca Skryté zvučné dediny, si tiež hovorí (alebo je fanoušky označován za) Otokage (doslovne preložené "zvučný Stín"), ale opäť to nie je oficiálny titul, pretože Skrytá zvučný dediny nie je rátať medzi päť veľkých skrytých dedín.
Trieda "S"
Do tejto triedy sa dostanú ninjov, ktorí mnohonásobne prekročia priemerného Jounina a získajú tak priamo legendárny pozíciu. Títo ninjov sa nazývajú S-ninjov. Táto trieda nie je úradná hodnosť, podľa papierov sú to stále Jouninové, niekedy to môže byť aj nižšia alebo nemusia mať vôbec žiadnu hodnosť. Títo ninjov spadajú pod nejakú dedinu, sú to napríklad vodcovia vznešených klanov alebo poustevničtí ninjov, ktorí sú oddaní jednej dedine, ale nie sú pod formálnou kontrolou (napr. Jiraiya). Niektorí ninjov tejto úrovne pomaly zabúdajú na svoju dedinu a sú za svojim vlastným cieľom, to sú potom Hladanie ninjov (pozri nižšie). Ninja organizácia zvaná Akatsuki je celá Pozostáva z hľadaných ninja triedy S.
Ninjov triedy S sú veľmi cteni, často oslovovaní prezývku, ktorá im spojenci alebo nepriatelia dali. Jedna skupina ninju, ktorá celá získala toto označení je skupina legendárních Sanninů z Listové: Jiraiya (Gama Sennin - žabí pustovník), orochimaru a Tsunade (Densetsu no Kamo - legendárny smoliar). Ďalšie ninjov triedy S sú Štvrtý Hokage známý jako Konoha no Kiiroi Senki - Žltý blesk z Listové a otec Kakashiho Hatake Sākumā známy jakp Konoha no Shiroi kiba-Biely Tesák z Listové.
Vojenská polícia v Listové
Vojenská polícia v Listové (Konoha Keim butai) je špeciálny organizácie v Listové, ostatné dediny majú pravdepodobne tiež podobné organizácie. Vojenská polícia sa väčšinou pozostávala členov klanu Uchiha (klan Uchiha túto organizáciu založil), teraz však zbyli iba Sasuke a Itachi, takže do vojenskej polície teraz môžu všetci. Vojenská polícia stráži dodržiavanie práva v rámci dediny. Ich právomoc je prakticky neobmedzená, jediné, kedy nemôžu zasiahnuť, sú veci pod priamym dohľadom Hokageho.
Ztracený ninja
Ztracení ninjov ( "nukenin", doslovne preložené "ztracení ninja") sú ninjov, ktorí opustili svoju dedinu a ako takí môžu mať ľubovoľnú hodnosť. Títo ninjov sú považovaní za zradcu a sú Hledáni kvôli tomu, že poznajú rôzne tajomstvá zo svojich dedín. Iné Skryté dediny majú často záujem kúpiť tieto informácie, pretože sa potom môžu hodiť v bitkách alebo k poznaniu nových Jutsu (technik). Medzi stratené ninju patrí orochimaru, všetci členovia Akatsuki a Momochi Zabuza (ktorý už nie je).
Niektorí ztracení ninjov majú škrábanec cez ochrannú čelenku, toto je hlavne charakteristické pre Akatsuki, ktorí to urobili pre symbolické účely. Ochranná čelenka Sasukeho má také škrábanec, ale to bolo spôsobené bojom s Naruta.